Team:FHS Frederick MD/Sequencing

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-
LOV                       ------------GTTTCTTC------------------------------ 8
+
LOV                   ------------GTTTCTTC------------------------------ 8
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANTANAAATAGNNNTATCACGAGGCAGAAT 50
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANTANAAATAGNNNTATCACGAGGCAGAAT 50
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     -NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATAGGCGTATCACGAGGCAGAAT 49
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 -NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATAGGCGTATCACGAGGCAGAAT 49
                                                                              
                                                                              
-
LOV                       --------------------------------------------GAATTC 14
+
LOV                   --------------------------------------------GAATTC 14
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     TTCNGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNANNGNNGATTTCTGGAATTC 100
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 TTCNGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNANNGNNGATTTCTGGAATTC 100
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     TTCAGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNNAGGANGATTTCTGGAATTC 99
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 TTCAGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNNAGGANGATTTCTGGAATTC 99
                                                                       ******
                                                                       ******
-
LOV                       GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 64
+
LOV                   GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 64
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 150
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 150
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 149
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 149
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 114
+
LOV                   AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 114
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 200
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 200
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 199
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 199
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 164
+
LOV                   ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 164
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 250
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 250
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 249
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 249
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 214
+
LOV                   TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 214
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 300
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 300
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 299
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 299
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 264
+
LOV                   CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 264
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 350
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 350
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 349
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 349
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 314
+
LOV                   CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 314
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 400
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 400
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 399
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 399
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 364
+
LOV                   CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 364
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 450
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 450
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 449
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 449
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 414
+
LOV                   AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 414
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 500
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 500
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 499
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 499
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 464
+
LOV                   CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 464
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 550
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 550
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 549
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 549
-
                          **************************************************
+
                      **************************************************
-
LOV                       G---------GAAG---------------------------------AAA 472
+
LOV                   G---------GAAG---------------------------------AAA 472
-
02-027-08-VF2_D11.ab1     GTCCGGCAAAAAAGGGCAAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAA 600
+
02-027-08-VF2_D11.ab1 GTCCGGCAAAAAAGGGCAAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAA 600
-
02-027-06-VF2_C11.ab1     GTCCGGCAAAAAAGGGCAAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAA 599
+
02-027-06-VF2_C11.ab1 GTCCGGCAAAAAAGGGCAAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAA 599
-
                          *          ***                                ***
+
                      *          ***                                ***
-
LOV                        C------------------------------------------------- 473
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      CCGAAAAGATTACTTCGCGTTATGCAGGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCT 650
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      CCGAAAAGATTACTTCGCGTTATGCAGGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCT 649
 
-
                          *                                               
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      GCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAA-GGCG 699
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      GCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCNAAAGGCG 699
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      GTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCANGAAAGAACATGTG 749
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      GTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCANGAAAGAACATGTG 749
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      AGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGNCGCGTTGCTGG 799
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      AGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGG 799
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      CGTTTTTCCACAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC 849
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      CGTTTTTCCACANGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC 849
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      TCAAGTCNNAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTT 899
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      TCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCANGCGTT 899
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      TCCCCCTGGAAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCNACCCTGCCGCTT 949
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      TCCCCCTGGAAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCNACCCTGCCGCTT 949
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      ACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGNAANCGTGGCGCTTTCTC 999
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      ACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAA-GCGTGGCNCTTTCTC 998
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      ATAGCTCACGNNTGTAGGNATCTCAGTTCGGNGNAGGTCGTTCGCTNCNA 1049
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      ATAGCTCACGCT-GTNNGTATCTCANTTCNGNGNNAGNCGTTCGCNNCNA 1047
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      GCTGGG-CTNNNGNGCNCGAACCCCCGTTCANNCCGACGNCTGCNCCTTA 1098
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      NCTNGGGCTNNNGNNCANNAANNNNC------------------------ 1073
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------------------------------------------------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      TCCNGNNANNTATNGTCTTGANTCCAACCCGGGTAANAANNNNAANTTNA 1148
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      --------------------------------------------------
 
-
                                                                           
 
-
 
-
LOV                        --------
 
-
02-027-08-VF2_D11.ab1      NNNNCNNN 1156
 
-
02-027-06-VF2_C11.ab1      --------
 
</pre>
</pre>

Revision as of 22:08, 19 June 2014

FHS Logo.png


Sequencing

CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


LOV                    ------------GTTTCTTC------------------------------ 8
02-027-08-VF2_D11.ab1  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANTANAAATAGNNNTATCACGAGGCAGAAT 50
02-027-06-VF2_C11.ab1  -NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATAGGCGTATCACGAGGCAGAAT 49
                                                                             

LOV                    --------------------------------------------GAATTC 14
02-027-08-VF2_D11.ab1  TTCNGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNANNGNNGATTTCTGGAATTC 100
02-027-06-VF2_C11.ab1  TTCAGATAAAAAAAATCCTTAGCTTTCGCNNAGGANGATTTCTGGAATTC 99
                                                                       ******

LOV                    GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 64
02-027-08-VF2_D11.ab1  GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 150
02-027-06-VF2_C11.ab1  GCGGCCGCTTCTAGAGATGGCTTCTTTCCAATCTTTCGGTATCCCAGGTC 149
                       **************************************************

LOV                    AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 114
02-027-08-VF2_D11.ab1  AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 200
02-027-06-VF2_C11.ab1  AACTGGAAGTTATCAAAAAAGCTCTGGATCACGTTCGTGTTGGTGTTGTT 199
                       **************************************************

LOV                    ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 164
02-027-08-VF2_D11.ab1  ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 250
02-027-06-VF2_C11.ab1  ATCACTGATCCAGCTCTGGAAGATAACCCAATCGTTTACGTTAACCAAGG 249
                       **************************************************

LOV                    TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 214
02-027-08-VF2_D11.ab1  TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 300
02-027-06-VF2_C11.ab1  TTTCGTTCAAATGACTGGTTACGAAACTGAAGAAATCCTGGGTAAAAACG 299
                       **************************************************

LOV                    CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 264
02-027-08-VF2_D11.ab1  CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 350
02-027-06-VF2_C11.ab1  CTCGTTTCCTGCAAGGTAAACACACTGATCCAGCTGAAGTTGATAACATC 349
                       **************************************************

LOV                    CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 314
02-027-08-VF2_D11.ab1  CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 400
02-027-06-VF2_C11.ab1  CGTACTGCTCTGCAAAACAAAGAACCAGTTACTGTTCAAATCCAAAACTA 399
                       **************************************************

LOV                    CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 364
02-027-08-VF2_D11.ab1  CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 450
02-027-06-VF2_C11.ab1  CAAAAAAGATGGTACTATGTTCTGGAACGAACTGAACATCGATCCAATGG 449
                       **************************************************

LOV                    AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 414
02-027-08-VF2_D11.ab1  AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 500
02-027-06-VF2_C11.ab1  AAATCGAAGATAAAACTTACTTCGTTGGTATCCAAAACGATATCACTAAA 499
                       **************************************************

LOV                    CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 464
02-027-08-VF2_D11.ab1  CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 550
02-027-06-VF2_C11.ab1  CAAAAAGAATACGAAAAACTGCTGGAATAATACTAGTAGCGGCCGCTGCA 549
                       **************************************************

LOV                    G---------GAAG---------------------------------AAA 472
02-027-08-VF2_D11.ab1  GTCCGGCAAAAAAGGGCAAGGTGTCACCACCCTGCCCTTTTTCTTTAAAA 600
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